使用 Docker Certbot 刪除不再使用的 Let’s Encrypt 憑證

Posted on by Rico

在使用 Docker 版 Certbot 進行 SSL 憑證續約 (certbot renew) 的環境中，常會遇到一個問題：

「有些網域已經不用了，但 Certbot 仍然把它們列在憑證列表裡。」

這不但會讓 renew 過程變得冗長，也可能在 web server 或 mail server 設定上造成混亂。

本篇文章記錄如何在 Docker 環境下，安全地刪除不再使用的 Let’s Encrypt 憑證，包括：

  • 如何查看現有憑證
  • 如何刪除個別憑證 lineage
  • 如何處理 Certbot lock 問題
  • 最後的最佳化建議

📌 環境說明

Certbot 以 Docker 容器方式執行，並使用 named volumes 儲存資料：

docker run --rm \
  -v httpd-etc-letsencrypt:/etc/letsencrypt \
  -v httpd-varlib-letsencrypt:/var/lib/letsencrypt \
  -v httpd-varlog-letsencrypt:/var/log/letsencrypt \
  -v httpd-virtual-htdocs:/var/www/virtual \
  certbot/certbot:v4.1.1 renew

1. 查看現有 Let’s Encrypt 憑證列表

使用以下指令查看目前所有憑證（lineage）：

docker run --rm -it \
  -v httpd-etc-letsencrypt:/etc/letsencrypt \
  -v httpd-varlib-letsencrypt:/var/lib/letsencrypt \
  -v httpd-varlog-letsencrypt:/var/log/letsencrypt \
  certbot/certbot:v4.1.1 certificates

在實際執行後，我得到以下輸出（節錄）：

Certificate Name: pop3.nuface.tw
  Domains: pop3.nuface.tw
  Expiry Date: 2025-11-24 (EXPIRED)

Certificate Name: imap.nuface.tw
Certificate Name: mailadmin.nuface.tw
Certificate Name: smtp.nuface.tw
Certificate Name: tpm1.nuface.tw
Certificate Name: webmail.nuface.tw
...
Certificate Name: tpm1.demo.com.tw  (VALID)
Certificate Name: wms.demo.com.tw    (VALID)

從列表可見，有多張 nuface.tw 的憑證都已經不再使用，且全部過期。

2. 先排除 Certbot lock 問題（若遇到）

若出現：

Another instance of Certbot is already running.

代表 Vault 內存在舊的 lock file，只需清除即可。

進入 volumes：

docker run --rm -it \
  -v httpd-etc-letsencrypt:/etc/letsencrypt \
  -v httpd-varlib-letsencrypt:/var/lib/letsencrypt \
  alpine:3.20 /bin/sh

刪除 lock：

rm -f /var/lib/letsencrypt/.certbot.lock
rm -f /etc/letsencrypt/.certbot.lock

確認後退出：

exit

3. 刪除不再使用的憑證 lineage

Certbot 的憑證都是「獨立 lineage」，只要不需要，就可以單獨刪除。

例如要刪除完全不用的 pop3.nuface.tw：

docker run --rm -it \
  -v httpd-etc-letsencrypt:/etc/letsencrypt \
  -v httpd-varlib-letsencrypt:/var/lib/letsencrypt \
  -v httpd-varlog-letsencrypt:/var/log/letsencrypt \
  certbot/certbot:v4.1.1 delete \
    --cert-name pop3.nuface.tw

Certbot 會詢問是否確認刪除，輸入 Y 即可。

實際刪除的憑證包括：

  • pop3.nuface.tw
  • imap.nuface.tw
  • smtp.nuface.tw
  • mailadmin.nuface.tw
  • tpm1.nuface.tw
  • webmail.nuface.tw

只要確定該域名的 web server / mail server 設定已經不再使用該憑證，就可以安全刪除。

4. 再次確認憑證列表

刪除後再次執行：

docker run --rm -it \
  -v httpd-etc-letsencrypt:/etc/letsencrypt \
  -v httpd-varlib-letsencrypt:/var/lib/letsencrypt \
  -v httpd-varlog-letsencrypt:/var/log/letsencrypt \
  certbot/certbot:v4.1.1 certificates

此時只會看到仍在使用且有效的憑證，例如：

  • tpm1.demo.com.tw
  • wms.demo.com.tw
  • wmsadmin.demo.com.tw
  • wmsdb.demo.com.tw

這樣一來，後續的 renew 就會更乾淨、更快，也避免不必要的錯誤。

5. 最佳實務建議

✔ 保持憑證命名整潔

每個 domain 建立獨立憑證（不要把多個 subdomain 塞在同一張 SAN 憑證），
未來要停用某服務時才能輕鬆刪除。

✔ Server 設定同步調整

刪除憑證前，請確認：

  • Apache/Nginx 是否引用該憑證
  • Postfix SNI 是否有該域名
  • Dovecot local_name 是否有配置

避免 reload 時出現「找不到憑證檔案」。

✔ 定期清理

每季檢查一次憑證列表，移除不再使用的域名，
讓 Certbot renew 更快、更安全。

✔ 結語

在 Docker 環境中管理 Let’s Encrypt SSL 憑證非常彈性，但隨著時間推移，
許多網域、服務會退役，清理掉不再使用的憑證是很重要的維運工作。

本篇文章完整示範：

  • 如何列出憑證
  • 如何移除不必要的憑證 lineage
  • 如何處理 Certbot lock 問題
  • 如何保持憑證架構乾淨

清理完成後，Certbot 的續約流程也會變得更精簡、穩定。